医院自2005年以来先后成立了上海交通大学医学院上海市精神卫生中心临床学院、上海交通大学法学院—上海市精神卫生中心法医精神病鉴定培训研究基地、上海中医药大学中医学专业临床教学实践基地、美国哥伦比亚大学(Columbia University College of Physicians and Surgeons)全球精神卫生合作中心。每年承担10余人年的医学研究生及留学生培养任务,同时还是上海市住院医师规范化培训及专科医师培训的精神科临床基地。医院建有上海市医学重点实验室,“心身障碍及抑郁—认知相关性研究实验室”、神经影像中心、精神药物临床试验机构。2008年-2017年期间,医院共承担国家科技部“973”、“863”、科技支撑、国家自然科学基金等市局级以上科研项目334余项、获科研经费支持8500余万元,以第一完成单位获得国家科技进步奖二等奖2项,上海科技进步一等奖2项,上海市科技进步二等奖、三等奖11项。